森林认证的操作过程建立在一系列标准和原则制订的基础上，被认为是良好经营的森林通常要通过环境、经济和社会三方面的综合评价。因此森林认证的标准和原则以保证森林的长期健康、生态功能、较高的生产能力，同时保证森林的社会效益，如保证工人的就业率等为目标。
森林认证的主要目的一是提高森林经营水平，实现森林的可持续经营；二是通过森林认证，可以稳定林产品的现有市场，并促进其进入新的市场。这两大目标相互联系，相互促进。森林认证还可以促进与森林认证有关的各权益相关者参与森林保护和森林可持续经营，促进森林服务的商品化，有助于获得财政资助，降低投资风险，加强法律法规的实施力度等。
通过认证后，企业有权在其产品上标明认证体系的名称和商标，这为消费者提供了区分并选择来自经营良好森林的林产品的机会，也提高了市场上对认证林产品的需求。这就迫使零售商寻求通过认证的林产品和加工企业，加工企业为了通过认证也会去寻求通过认证的经营良好的森林，森林经营者进而制订长期的可持续经营规划以达到认证的标准和要求。
森林认证是贯彻和实施森林可持续经营管理的一项新的制度变革,它可以满足各利益相关方的利益，对于林产工业和贸易，森林认证可以帮助其打开环保市场:对于消费者，森林认证为他们所购买的产品提供了附加的可靠信息;对于森林所有者和经营者，森林认证是提高经营水平并从市场中获取回报的有效途径;对于政府，森林认证是一-项可以推动可持续森林经营管理和绿色消费方式的软政策。森林认证包含对森林经营活动的审查和通过“产销监管链”对木材从原料到成品进行跟踪审查两个部分，以确保最终林产品来自经营管理良好的森林一这意味着森林认证是考虑到环境、社会和经济三方面的原则和标准。